取引先がつぶれてしまい、入るはずだったお金がなくなってしまった

得意先が破産手続に入ってしまった場合には、特に担保等がないのであれば、当該破産手続内での配当を受けるしか回収の途はありません。そして、配当がないケースも多く、仮にあったとしても入金は相当先になります。したがって、売掛金は回収できないものとして考えたほうがよいでしょう。
したがって、その売掛金が回収できなければ資金繰りに行き詰まってしまうという状況であれば、自社も倒産を避けられなくなります。
この点、このような連鎖倒産を防ぐため、中小企業を対象に、独立行政法人中小企業基盤整備機構が運営する、中小企業倒産防止共済(経営セーフティ共済)という共済制度があります。比較的少額の月額掛金で利用することができますので、取引額に応じて自社に適した掛金を選び、得意先の倒産に備えることをお勧めします。